图1 石菖蒲挥发油成分靶点与阿尔茨海默病、帕金森病、癫痫、抑郁症靶点的韦恩图
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探究石菖蒲挥发油成分干预阿尔茨海默病、帕金森病、癫痫和抑郁症4种中枢神经系统疾病的共性物质基础及其作用机制。
通过检索TCMSP、PubChem和CNKI数据库收集石菖蒲的挥发油成分,通过SwissADME平台筛选高吸收、可透过血脑屏障且具有类药性的成分;利用SwissTargetPrediction、BATMAN-TCM、GeneCards和OMIM数据库分别预测活性成分和治疗4种疾病的潜在靶点;通过Cytoscape 3.6.0构建“挥发油成分-靶点-疾病”网络;基于STRING数据库和BioGRID数据库构建潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Bioconductor数据库和R 4.1.2软件进行潜在靶点的GO功能注释和KEGG富集分析;最后运用AutoDock Vina软件对关键靶点和关键成分进行分子对接验证。
从石菖蒲中共筛选得到33个挥发油活性成分及61个靶点。“成分-靶点-疾病”网络显示α-香附酮、菖蒲螺烯酮、马兜铃酮、异水菖酮、菖蒲螺酮烯、水菖蒲酮、桔利酮和异丁香酚甲醚为干预疾病的关键成分。PPI网络显示AKT1、TP53和mTOR为关键靶点,分子对接结果显示各关键靶点与关键成分的结合能均<-4.7 kcal/mol。KEGG富集结果显示多巴胺能突触通路、帕金森病通路、羟色胺能突触通路、阿尔茨海默病通路为关键通路。
从石菖蒲中筛选出8种挥发油有效成分,其可能通过调控靶点AKT1、TP53和mTOR参与多个通路对中枢神经系统疾病发挥治疗作用。
Objective: To explore the common material basis of volatile oil from Acori Tatarinowii Rhizoma and mechanism in intervening Alzheimer’s disease, Parkinson’s disease, epilepsy and depression based on network pharmacology.
The volatile oil components of Acori Tatarinowii Rhizoma were obtained from TCMSP, PubChem and CNKI databases. And the components with high absorption, blood-brain barrier and drug-like properties were screened by SwissADME platform. The active components and potential targets in the treatment of 4 diseases were predicted through SwissTargetPrediction, BATMAN-TCM, GeneCards and OMIM databases. Thus, the “components-targets-diseases” network was constructed by Cytoscape 3.6.0. The protein-protein interaction (PPI) network of potential targets was constructed based on the STRING and BioGRID databases. The GO function annotation and KEGG enrichment analysis of potential targets were performed by Bioconductor database and R 4.1.2 software. Finally, AutoDock Vina was used to validate the molecular docking of key targets and key components.
Totally 33 volatile oil active components from Acori Tatarinowii Rhizoma and 61 corresponding targets were obtained. The “components-targets-diseases” network showed that α-cyperone, acorenone, aristolone, isoshyobunone, acoronene, shyobunone, zierone and methyl isoeugenol were the key components in disease intervention. PPI network showed that AKT1, TP53 and mTOR were the key targets. The molecular docking results showed that the binding energies of key targets and key compounds were less than -4.7 kcal/mol. KEGG enrichment results showed that dopaminergic synapse pathway, Parkinson’s disease pathway, serotonergic synapse pathway, Alzheimer’s disease pathway were the key pathways.
Eight volatile oil active components were screened from Acori Tatarinowii Rhizoma, which may exert the therapeutic effects on central nervous system diseases by participating in multiple pathways through regulatory targets AKT1, TP53 and mTOR.
现代社会由于人们生活压力的加剧和人口老龄化发展,抑郁症、阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease, AD)、帕金森病(Parkinson’s disease, PD)、癫痫等各类中枢神经系统(central nervous system, CNS)疾病的患病率呈逐年增加态势[
这4类CNS疾病均为多因素引起的慢性脑部疾病,虽表现形式各异,但均造成运动型和非运动型障碍,核心表现是认知功能下降和行为障碍,发病机制复杂且具有共通性,如与遗传因素、环境因素、炎症、氧化应激等有关,目前临床上最常用的药物是受体调节剂和神经递质抑制剂,但效果不理想[
由此可见,石菖蒲对CNS疾病的治疗前景较为乐观,且挥发油是其发挥药效的关键成分[
根据中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP,http://tcmspw.com/tcmsp.php/)最新指南[
将“1.1”项获得的化合物结构式上传到药效预测靶点数据库[
将“1.2”项得到的潜在靶点分别与疾病和化合物建立对应关系,将成分、靶点和疾病数据导入Cytoscape 3.6.0软件,利用Network Analyzer插件分析网络,提取degree≥2倍中位数的靶点构建“石菖蒲-挥发油成分-靶点-疾病”网络。
将石菖蒲挥发油成分治疗AD、PD、癫痫和抑郁症的共同潜在靶点导入STRING数据库(https://string-db.org/)的Multiple protein中,物种选择“Homo sapiens”,设置置信度≥0.9,隐藏网络中无关联节点,构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络筛选关键靶点,进一步通过蛋白质相互作用数据库(BioGRID,https://thebiogrid.org/)检索关键靶点与其他蛋白的相互作用关系。
利用Bioconductor数据库(http://www.bioconductor.org/)和R 4.1.2软件对石菖蒲挥发油成分治疗AD、PD、癫痫和抑郁症的共同潜在靶点进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析,设定P≤0.01,探讨药物作用的核心机制与关键信号通路,并按P值升序排列取前20名通路和其对应的靶点通过Cytoscape 3.6.0构建“靶点-通路”网络进行拓扑分析。
从RCSB蛋白数据库[
从TCMSP数据库中检索到23个挥发油成分,CNKI数据库文献[
序号 | 名称 | 序号 | 名称 | 序号 | 名称 |
---|---|---|---|---|---|
1 | 2-[(4-氟苯基)氨基]-2-氧代乙基-2-甲基呋喃-3-甲酸酯 | 28 | γ-细辛醚 | 55 | 榄香素 |
2 | 2-茨醇 | 29 | 安息香醛 | 56 | 马兜铃酮 |
3 | 4-萜烯醇 | 30 | 桉油 | 57* | 马兜铃烯 |
4* | d-紫穗槐烯 | 31 | 桉油烯醇 | 58* | 柠檬烯 |
5* | α-柏木烯 | 32 | 桉脂素 | 59 | 水菖蒲酮 |
6* | α-古芸烯 | 33* | 巴伦西亚橘烯 | 60 | 水合樟醇 |
7* | α-姜黄烯 | 34* | 白菖烯 | 61 | 水杨酸甲酯 |
8* | α-帕纳辛烯 | 35 | 表水菖蒲酮 | 62 | 蔚瑞昆森 |
9 | α-甜没药烯萜醇 | 36* | 补骨脂烯 | 63* | 香橙烯 |
10 | α-细辛醚 | 37 | 草蒿脑 | 64 | 香附烯酮 |
11 | α-香附酮 | 38 | 菖蒲螺酮烯 | 65 | 香茅醇 |
12* | α-长叶蒎烯 | 39 | 菖蒲螺烯酮 | 66* | 香树烯 |
13 | β-桉叶醇 | 40 | 菖蒲烯二醇 | 67* | 亚油酸 |
14* | β-倍半水芹烯 | 41 | 橙花叔醇 | 68 | 氧化石竹烯 |
15* | β-毕澄茄烯 | 42 | 丹皮酚 | 69 | 异丙醇 |
16* | β-杜松烯 | 43 | 丁香酚 | 70 | 异丁香酚甲醚 |
17* | β-古芸烯 | 44 | 丁香酚甲醚 | 71* | 异喇叭烯 |
18* | β-红没药烯 | 45 | 二聚细辛醚 | 72 | 异水菖蒲二醇 |
19* | β-金合欢烯 | 46 | 芳樟醇 | 73 | 异水菖酮 |
20* | β-榄香烯 | 47 | 桂皮醛 | 74* | 异松油烯 |
21* | β-罗勒烯 | 48* | 桂叶烯 | 75 | 愈创木酚 |
22* | β-蒎烯 | 49* | 环烯烃醇 | 76 | 樟脑 |
23* | β-蛇床烯 | 50 | 茴脑 | 77* | 长叶环烯 |
24* | β-石竹烯 | 51 | 己醛 | 78 | 左旋樟脑 |
25 | β-细辛醚 | 52 | 桔利酮 | 79 | Murolan-3,9(11)-diene-10-peroxy |
26* | β-愈创木烯 | 53* | 莰烯 | ||
27* | γ-松油烯 | 54* | 喇叭烯 |
注: *代表肠内吸收性水平、BBB渗透性水平或DL不符合要求
采用SwissTargetPrediction和BATMAN-TCM数据库检索成分靶点,合并去重,共收集到44个成分的610个潜在活性靶点。采用OMIM数据库和GeneCards数据库检索疾病靶点,合并去重,收集到1 922个“Alzheimer’s disease”靶点、1 304个“Parkinson’s disease”靶点、1 519个“epilepsy”靶点和751个“depression”靶点。将成分预测靶点与疾病靶点做韦恩图,分别得到挥发油活性成分治疗AD、PD、癫痫和抑郁症的潜在靶点201个、121个、74个和119个,去重后共268个靶点,其中4种疾病的共同靶点23个。见
图1 石菖蒲挥发油成分靶点与阿尔茨海默病、帕金森病、癫痫、抑郁症靶点的韦恩图
将石菖蒲挥发油活性成分、潜在靶点和疾病数据导入Cytoscape 3.6.0,计算出靶点degree值的2倍中位数为8,提取degree≥8的靶点构建“石菖蒲-挥发油成分-靶点-疾病”网络,包含33个挥发油活性成分、61个靶点、99个节点和692条边。见
图2 “石菖蒲-挥发油成分-靶点-疾病”网络
橙色八边形为石菖蒲;绿色矩形为疾病;紫色圆形为石菖蒲挥发油成分;粉色菱形为靶点
分别利用STRING数据库和BioGRID数据库对4种CNS疾病的共同潜在靶点构建PPI核心网络。见
图3 石菖蒲挥发油成分干预中枢神经系统疾病的潜在靶点PPI网络
A来自STRING数据库;B来自BioGRID数据库
将石菖蒲挥发油活性成分治疗4种CNS疾病的23个共同潜在靶点导入R 4.1.2,使用clusterprofile包进行GO功能注释和KEGG富集分析,设定P≤0.01。
GO富集分析包括生物过程(biological process, BP)、细胞组成(cellular component, CC)和分子功能(molecular function, MF)。按P值升序排列,将各分析结果前20条的条目做可视化处理。见
图4 石菖蒲挥发油成分治疗CNS疾病的GO功能注释柱状图
KEGG富集结果显示,石菖蒲治疗AD、PD、癫痫和抑郁症涉及85条通路,按P值升序排列,选取前20条通路做可视化处理,主要有8条神经系统相关通路,包括多巴胺能突触通路、PD通路、羟色胺能突触通路、AD通路、神经退行性疾病通路、可卡因成瘾通路、甲状腺激素信号传导通路和神经营养蛋白信号传导通路,此外还有9条癌症相关的通路包括癌症信号通路、前列腺癌通路、乳腺癌通路和3条代谢相关的通路。见
图5 石菖蒲挥发油成分治疗中枢神经系统疾病的KEGG富集分析气泡图
图6 石菖蒲干预4种中枢神经系统疾病的“靶点-通路”网络
蓝色三角形为通路;粉色菱形为靶点
从RCSB蛋白数据库下载TP53(2k8f)、AKT1(3o96)和mTOR(4jt6),分别与α-香附酮、菖蒲螺烯酮、马兜铃酮、异水菖酮、菖蒲螺酮烯、水菖蒲酮、桔利酮、异丁香酚甲醚、α-细辛醚和β-细辛醚进行分子对接。一般认为结合能<0时蛋白与配体可自由结合,结合能<-5 kcal/mol时蛋白与配体相互作用能力较强,结合能越低相互作用越强[
化合物名称 | PubChem CID | CAS | degree排名 | AKT1 (kcal/mol) | TP53 (kcal/mol) | mTOR (kcal/mol) |
---|---|---|---|---|---|---|
α-香附酮(α-cyperone) | 6452086 | 473-08-5 | 1 | -8.5 | -5.6 | -6.8 |
菖蒲螺烯酮(acorenone) | 12480741 | 5926-05-8 | 2 | -7.9 | -5.3 | -6.8 |
马兜铃酮(aristolone) | 165536 | 6831-17-0 | 3 | -8.6 | -5.0 | -6.4 |
异水菖酮(isoshyobunone) | 5318673 | 21698-46-4 | 4 | -7.8 | -4.9 | -6.3 |
菖蒲螺酮烯(acoronene) | 15558294 | 33983-45-8 | 5 | -8.1 | -5.2 | -6.3 |
水菖蒲酮(shyobunone) | 5321293 | 21698-44-2 | 6 | -7.6 | -4.7 | -6.6 |
桔利酮(zierone) | 12445048 | 6754-66-1 | 7 | -7.5 | -4.7 | -6.6 |
异丁香酚甲醚(methylisoeugenol) | 637776 | 6379-72-2 | 8 | -6.5 | -4.9 | -6.2 |
α-细辛醚(α-asarone) | 636822 | 2883-98-9 | 24 | -6.6 | -4.9 | -6.0 |
β-细辛醚(β-asarone) | 5281758 | 5273-86-9 | 27 | -6.3 | -4.9 | -5.9 |
图7 关键靶点和活性成分分子对接图
本研究运用网络药理学技术获得石菖蒲干预AD、PD、癫痫和抑郁症的33个挥发油活性成分和61个靶点,其中23个靶点为4种CNS疾病的共同靶点。通过STRING数据库、BioGRID数据库和“靶点-通路”网络拓扑分析发现AKT1、TP53和mTOR为关键靶点。目前石菖蒲药理研究多集中在总挥发油或含量较高的β-细辛醚和α-细辛醚,而网络分析结果显示α-香附酮、菖蒲螺烯酮、马兜铃酮、异水菖酮、菖蒲螺酮烯、水菖蒲酮、桔利酮和异丁香酚甲醚为石菖蒲挥发油中治疗CNS疾病的关键成分,并且分子对接结果显示β-细辛醚和α-细辛醚与3个关键靶点的结合能力均弱于上述8种成分,各成分与关键靶点间结合能力的大小与网络药理学degree值排序基本一致。KEGG富集结果显示多巴胺能突触通路、PD通路、羟色胺能突触通路、AD通路、神经退行性疾病通路等通路为关键通路,还发现癌症类通路与神经系统病变有密切相关性。
据报道,本研究中的关键靶点磷脂酰肌醇3-激酶(phosphatidylin-ositol-3-kinase, PI3K)、蛋白激酶B(protein kinase B, AKT/PKB)和哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin, mTOR)在调控细胞增殖、凋亡、代谢和血管生成等信号转导和生物学过程中发挥重要作用。PI3K家族对CNS疾病、肿瘤、糖尿病和白血病等均有影响[
综上所述,本文采用网络药理学方法和分子对接技术得到石菖蒲挥发油干预AD、PD、癫痫和抑郁症的共性关键成分、关键靶点和关键通路,为后续石菖蒲的药效物质基础研究及CNS疾病新药开发提供理论依据。
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